目前，非居民企业预提所得税税收征管在税收政策上及日常税收执行中遇到了一些问题和难点，给税收征管带来一定压力。
　　一、税收政策上存在的几个难点
　　1、纳税义务发生时间界定难。《企业所得税法》第三十七条规定：税款由扣缴义务人在每次支付或者到期应支付时，从支付或者到期应支付的款项中扣缴。此条规定在实际操作中，往往比较难于掌握。到期应支付的款项，是指企业支付人按照权责发生制原则应当计入相关成本、费用的应付款项。在实际操作中当企业未按规定列支成本、费用也未支付时是否要扣缴。又如：离岸股权转让往往采取“一次合同，分期支付”的方式进行结算。那么，如何确认其纳税义务发生时间和相应的税款缴纳时间？是按合同签订后第一次付款时间、被投资企业股权变更时间还是按每次实际付款时间？况且在实际经济往来中，很多支付形式是非货币形式，如非居民通过实物或者劳务形式取得技术使用权的回报、关联企业之间的债务重组等，对于此种情形，纳税义务发生时间的确定存在一定困难。
　　2、预提所得税的计税依据界定难。
　　⑴收入确定难。《税法》第十九条规定：非居民企业取得企业所得税法第三条第三款规定的股息、红利等权益性投资收益和利息、租金、特许权使用费所得，以收入金额为应纳税所得额；转让财产所得以收入金额减除财产净值后的余额为应纳税所得额。在实际征收过程中，问题并不是如此简单。如支付特许权使用费，很多企业是以销售收入的一定比例来计提支付，那么这个计提比例是否恰当？所提供的专用权等是否具有一定的时效性等值得研究。另外如外国企业转让国内企业股权，很多是关联企业之间的股权转让，通常存在转让的价格不真实、零价格转让或低价转让等问题，转让收入难以确定。
　　⑵成本确定难。这个问题主要体现在财产转让所得上，其中以股权转让尤为突出。股权转让成本即股权转让所得的扣除数，是影响企业所得税计算的一项关键因素。由于股权转让成本是一个历史概念，以外币投资形式的原始投资额是用历史汇率还是以现时汇率计算转让成本？另外，股本成本价是指股东投资入股时企业实际支付的出资金额，或收购该项股权时该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。如其中的资本公积金