完善法人治理结构，健全内控机制是深化农村信用社改革的重要内容，也是建立农村信用社现代企业制度的有效途径。近年来，农村信用社在完善法人治理结构，健全内控机制方面进行了有益的探索，初步构建了决策、执行、监督相制衡的内控机制。但是，从农村信用社现实情况看，其内控机制仍然存在一些明显的缺陷，需要进一步加以改造和重建。
　　一、农村信用社现行内控机制的缺陷
　　由于产权不明晰，在我国农村信用社目前的委托－代理关系中，作为委托人的所有者实际上是缺位的，同时农村信用社的所有者、决策者、经营者、监督者等各利益相关者之间的信息是不对称的，从而造成农村信用社现行内控机制存在缺陷。[大秘书-www,damishu.com,找范文请到大秘书网]
　　（一）有“三会”制度，缺“三权”制约。目前，农村信用社从形式看，都设立了社员代表大会、理事会、监事会、经营班子等一整套治理机构。在这个结构中，社员代表大会代表所有者，是信用社最高权力机构；理事会由社员代表大会产生，拥有决策权；信用社主任由理事会聘任，拥有经营权；监事会拥有监督权，按照这种制度安排完全符合现代企业制度的要求。但在实际运作中，这些相互制衡的“三会”制度并未产生“三权”制约的实际效果，作为委托人的社员代表大会与作为代理人的理事会。由于信息不对称和道德风险的存在，二者之间的行为目标并不总是能够保持一致，社员代表大会实质上也是理事会控制；信用社主任由理事会提名和聘任，而且理事长可以兼任社主任，这就将相互制衡的理事会和社主任置于同一主体的控制之下；而监事会没有常设机构，对理事会和社主任没有弹劾权。这样，所有权力实际上集中在信用社主任一人手中，容易形成“内部人控制”，其经营决策往往失去有效的监督和制约，而失去约束的权力必然产生逆向选择、道德风险和滋生腐败。
　　（二）有资本管理制度，缺资本发言制度。目前，农村信用社在资本筹集、资本使用、资本补偿都有比较完备的管理规定，但目前农村信用社所有者是缺失的，入股社员不是所有者，也并没有行使股东的权利，他们入股的目的是想从信用社获得贷款，而不是参与信用社内控管理。因此，农村信用社目前缺乏资本代言人，资本没有发言权。
　　（三）有内控约束规制，缺内控激励机制。从总体上看，大部分农村信用社的内部规章制度都比较健全，涵盖了信贷、财务、审计、保卫等