为关心农民、服务“三农”，国家了采取了一系列措施减轻农民负担，尤其是增值税一般纳税人向农业生产者个人收购免税农副产品可以按收购发票注明的价款和适用的扣除率抵扣税款的政策，为减轻涉农企业税收负担，促进农产品转化为起到了一定的作用。然而，随着经济形势的发展变化以及金税二期工程的全面实施，作为具有同等效力抵扣作用的农副产品收购发票，因其不具严谨科学的设计理念，已难以适用有效的监控和管理，暴露的问题多多，具体说来，有以下几点：
    一、从事农副产品生产，加工经营企业为实现利润最大化，想方设法在收购发票上大做文章，例如：提高收购价格，虚增进项税金，或者虚增收购数量多抵扣，利用多报损耗，做到库存平衡，有的利用购销现金交易多的特点，在销项上隐瞒收入，少计销项税金或不开票，不体现应纳税金，有的提前或滞后开票，申报抵扣进项税金，达到少交或不交增值税的目的。
    二、票面实