新经济组织和新社会组织（以下简称“两新”组织）是我国经济社会生活中的一支重要力量，“两新”组织为促进经济繁荣和社会发展，扩大就业，维护稳定做出了重要贡献，“两新”组织党的建设也逐步得到加强。但与“两新”组织蓬勃发展的势头相比，“两新”组织党的建设工作还相对滞后，基础比较薄弱，在实践中还存在着一些亟待研究和解决的问题。
    一是部分人对“两新”组织党的建设思想认识还不到位。首先是重视“两新”组织党建工作的氛围尚未完全形成，有些部门和党务工作者思想上还存在一些模糊认识。有的认为，“两新”组织一般规模比较小，党员人数少，抓不抓党的建设无关紧要；有的对加强“两新”组织党建存在畏难情绪，认为与“两新”组织无领导、管理关系，开展党建工作难度大。其次是相当一部分“两新”组织负责人思想上有疑虑。有的担心党组织建立起来后会团结员工与自己对抗；有的担心党组织开展工作影响生产经营、加重企业负担；有的认为企业、社会团体、中介组织靠规章制度来约束员工，按章程办事，无需设立党组织；还有一部分“两新”组织负责人持观望态度。第三，“两新”组织中部分党员党性观念淡漠。党员不愿暴露身份或不愿将组织关系转入，已成为“两新”组织党建工作的最大难题。有的党员负责人一心忙于挣钱，对建立党组织，开展党的工作漠不关心；有的务工党员存在雇佣思想，认为自己是打工者，参不参加组织活动无所谓，有的甚至隐瞒党员身份。凡此种种都说明，无论是有关组织和部门，还是“两新”组织和党员，都没有真正认识到在“两新”组织中建立党组织并有效开展党建工作的重要意义，导致思想上模糊，行动上落后。
    二是“两新”组织中党组织的地位还不够明确，作用发挥不够理想。目前，对“两新”组织中党组织处于什么地位、发挥什么作用、主要职责和任务是什么等，尚未完全明确。因此，往往存在着“两新”组织找不准自己的位置，工作上无所适从，影响了“两新”组织党建工作的正常开展。加之“两新”组织在产权结构、管理体制等方面的特殊性，业主对企业的一切活动具有最终决定权，这一特点决定了党组织在“两新”组织中开展党的工作处于相对被动的局面，往往把党组织“从属化”、“隐形化”。
    三是“两新”组织党员比例少，党组织组建率低。由于党员人数少且流动性强，再加上一些党员不愿意把党组织关系转到“两新”组织中来，使相当数量的“两新”组织不具备建立党组织的条件。此外，即使具备建立党组织的条件，往往因为没有合适的党组织负责人人选，而迟迟不能建立党组织。
    四是部分“两新”组织党组织设置不合理，隶属关系还没有完全理顺。目前，大多数“两新”组织存在无上级主管部门、无行政隶属关系、无行业协会的“三无”现象。其党建工作由谁来管还不够明确，存在多头管理、分散管理甚至无人管理的情况。一些国有、集体中小型企业被个体私营企业收购、兼并后，往往由于兼并企业没有建立党组织，被兼并企业党组织不知隶属何处，兼并企业党组织与被兼并企业党组织在建制上有时